<div dir="ltr"><div><div>Hello,<br><br></div>I'm comparing the proteomes of two fungal strains (recently drafted and annotated by  genome assembly) to identify orthologs. I could successfully ran the program passing the two protein fasta files and identified ~101 ortholog groups. <br>
<br>However I suspect that there could be false positives in the results as these proteomes were annotated by BLAST methods against NCBI and Uniport by the publisher. Is there any mechanism to filter out such false positive orthologs based on Inparanoid database sequences (another round of comparison)? <br>
<br>Please advise how do we achieve this.<br><br></div>Thanks<br>Raj<br></div>