<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi,<br>
      <br>
      same answer as before - probably something goes wrong with Blast. 
      Please check how many homologs are found, that will give a good
      idea if Blast worked or not.<br>
      <br>
      Erik Sonnhammer<br>
      <br>
      On 09/22/2014 11:45 AM, Sammy Desilva wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAJXH_1NS2bcjMPuRu8vpbQBkUF0gSLmrOZc6qSyBamFdbk6JoQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi I am doing two species clustering. In compare to
        OrthoMcl , the Inparanod gives very few (5 time less ) clusters.
        What may be the problem? Job executed on Ubuntu but I also Got a
        Warning message<br>
        <div><br>
          [blastall] WARNING: the -C 3 argument is currently
          experimental<br>
          <br>
          <br>
        </div>
        <div>Please Help Me. Thanks<br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
InParanoid mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:InParanoid@lists.su.se">InParanoid@lists.su.se</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se">https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>