<div dir="ltr">Dear Prof. Sonnhammer,<br><br>I understand in case of 17 proteome I have to use multiparanoid for clustering after computing 17*16/2 = 136 pairs with InParanoid. I wonder is any script already available to automate the computations of multiple pairs (here 136) with InParanoid for getting input for MultiParanoid?<br><br>Regads<br>Sammy<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 22, 2014 at 2:33 PM, Erik Sonnhammer <span dir="ltr"><<a href="mailto:erik.sonnhammer@scilifelab.se" target="_blank">erik.sonnhammer@scilifelab.se</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Hi,<br>
      <br>
      If you want ortholog groups that include all 17 species,
      InParanoid won't work. But if you only need pairwise relationships
      (which is usually the case) then it will.  Then you have to run
      InParanoid for all 17*16/2 pairs.<br>
      <br>
      Erik Sonnhammer<span class=""><br>
      <br>
      On 09/20/2014 11:32 AM, Sammy Desilva wrote:<br>
    </span></div>
    <blockquote type="cite"><span class="">
      <div dir="ltr">
        <div>Hi, I want to assign orthology relationship among 17
          proteomes. Could someone please suggest me how to do it
          offline in Inparanoid? The running command for such cases? I
          guess putting 3 organism it treats third as outgroup. <br>
        </div>
        Thanks<br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </span><pre>_______________________________________________
InParanoid mailing list
<a href="mailto:InParanoid@lists.su.se" target="_blank">InParanoid@lists.su.se</a>
<a href="https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se" target="_blank">https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div>