<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear inparanoid developers,<br><br></div>I am using inparanoid to derive orthologs for a newly sequenced fungus. My organism consists 12000 protein sequence. When I run the inparanoid with default settings against yeast (as protein B) it yields only 60 orthologs, which I think is a very low number. Then I splitted the sequence of both organism and took only half of the sequences of each organism. Then I run a inparanoid, and it gives higher no of othologs (214). Does it mean something wrong in my sequence file or any other issues with bigger file?<br></div><br></div>Thank you<br><br></div>Arjun Subedi<br></div>