<div dir="ltr"><div><div>Dear all,<br><br></div>I am again starting this thread here again. At that time I finally shifted to normal PC instead
 of cluster. Now, I am analyzing 29 proteome for orthology with 
multiparanoid. I used  the above script with sbatch seq array in slurm but it  is still not finished in 15 days. Is there any alternative way exist for doing this computations/<br><br></div>Thnaks<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 1:39 PM, <a href="mailto:mateusz.kaduk@gmail.com">mateusz.kaduk@gmail.com</a> <span dir="ltr"><<a href="mailto:mateusz.kaduk@gmail.com" target="_blank">mateusz.kaduk@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear Sammy,<br><br></div>There is no script with inparanoid to automate pairwise runs, but I am using the following code to run all n(n-1)/2 pairwise comparisons without outgroup, it's just few lines of code, but maybe you will find it useful.<br><br>#!/usr/bin/perl<br>use strict;<br>use warnings;<br><br># Here is the list of fasta files in the same directory as <a href="http://inparanoid.pl" target="_blank">inparanoid.pl</a><br>my @species = ("c_albicans-2011-04i.fa",<br>               "c_neoformans-2011-04i.fa",<br>               "s_cerevisiae-2011-04i.fa",<br>               "s_pombe-2011-04i.fa",<br>               "y_lipolytica-2011-04i.fa");<br><br>my $numberOfspecies = @species;<br><br># Run all n(n-1)/2 combinations without outgroup<br>for (my $i = 0; $i < $numberOfspecies-1; $i++) {<br>    for(my $j = $i+1; $j < $numberOfspecies; $j++) {<br>    print "Staring inparanoid for: ". $species[$i]."\t".$species[$j]."\n";<br>    system ("./<a href="http://inparanoid.pl" target="_blank">inparanoid.pl</a> ".$species[$i]."\t".$species[$j]."\n");<br>    }<br>}<br><br></div><div>Regards,<br></div>Mateusz<div><div class="h5"><br><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 1:27 PM, Sammy Desilva <span dir="ltr"><<a href="mailto:sammy.ich17@gmail.com" target="_blank">sammy.ich17@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Prof. Sonnhammer,<br><br>I understand in case of 17 proteome I have to use multiparanoid for clustering after computing 17*16/2 = 136 pairs with InParanoid. I wonder is any script already available to automate the computations of multiple pairs (here 136) with InParanoid for getting input for MultiParanoid?<br><br>Regads<span><font color="#888888"><br>Sammy<br><br></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 22, 2014 at 2:33 PM, Erik Sonnhammer <span dir="ltr"><<a href="mailto:erik.sonnhammer@scilifelab.se" target="_blank">erik.sonnhammer@scilifelab.se</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Hi,<br>
      <br>
      If you want ortholog groups that include all 17 species,
      InParanoid won't work. But if you only need pairwise relationships
      (which is usually the case) then it will.  Then you have to run
      InParanoid for all 17*16/2 pairs.<br>
      <br>
      Erik Sonnhammer<span><br>
      <br>
      On 09/20/2014 11:32 AM, Sammy Desilva wrote:<br>
    </span></div>
    <blockquote type="cite"><span>
      <div dir="ltr">
        <div>Hi, I want to assign orthology relationship among 17
          proteomes. Could someone please suggest me how to do it
          offline in Inparanoid? The running command for such cases? I
          guess putting 3 organism it treats third as outgroup. <br>
        </div>
        Thanks<br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </span><pre>_______________________________________________
InParanoid mailing list
<a href="mailto:InParanoid@lists.su.se" target="_blank">InParanoid@lists.su.se</a>
<a href="https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se" target="_blank">https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
InParanoid mailing list<br>
<a href="mailto:InParanoid@lists.su.se" target="_blank">InParanoid@lists.su.se</a><br>
<a href="https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se" target="_blank">https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>