<div dir="ltr"><div><div>Dear all,<br><br></div>I am facing one issue, if I run multiple runs against a proteome simultaneously, I get very low no of ortholog groups for all reference organisms. However, If I run against the same organism but one run at a time, I get much better result with large no of orthologs. Could you please explain the reason behind that?<br><br></div>Thank you<br></div>