<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Fritz,<br>
      <br>
      yes the score depends on blast options such as score matrix
      adjustment.  You can see the used options in the inparanoid.pl
      script.<br>
      <br>
      Erik<br>
      <br>
      On 2016-10-27 23:19, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:fritz.franz@gmx.net">fritz.franz@gmx.net</a> wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:trinity-a89e6d75-f86e-424b-865e-dfb498fa1239-1477603177373@3capp-gmx-bs33"
      type="cite">
      <div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;">
        <div>
          <div>Hi everybody,</div>
          <div>I have  a question concerning the BLAST scores in
            InParanoid8. I realized that the BLAST scores are pretty
            different from the scores I get in a standard BLAST search
            at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/">blast.ncbi.nlm.nih.gov</a>.
            I assume that InParanoid automated BLAST searches use a
            different set of BLAST scoring parameters than standard. Do
            you know what the settings are? Or is there a different
            reason why the BLAST scores are different?</div>
          <div>Thank you very much for your help!</div>
          <div>Fritz Franz</div>
        </div>
        <div> </div>
        <div class="signature"> </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
InParanoid-at-sbc.su.se mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:InParanoid-at-sbc.su.se@lists.su.se">InParanoid-at-sbc.su.se@lists.su.se</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se">https://lists.su.se/mailman/listinfo/inparanoid-at-sbc.su.se</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>