
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">

<div>

<div>Begin forwarded message:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<blockquote type="cite">

<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">

<span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>From:

</b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;">Rung Johan <<a href="mailto:johan.rung@scilifelab.uu.se">johan.rung@scilifelab.uu.se</a>><br>

</span></div>

<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">

<span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium; color:rgba(0, 0, 0, 1.0);"><b>Subject:

</b></span><span style="font-family:'Helvetica'; font-size:medium;"><b>Two bioinformaticians needed to the Clinical Sequencing Facility in Uppsala</b><br>

</span></div>

<div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px;">

<br>

</div>

<div>Dear All,<br>

<br>

The Clinical Sequencing Facility is a new SciLifeLab national facility,<br>

organized jointly by Uppsala University, Uppsala University Hospital and<br>

Science for Life Laboratory. Our mission is to provide clinical genetic tests<br>

for various cancer forms and inherited diseases using state-of-the-art next-<br>

generation sequencing technology. With our team of facility associated<br>

geneticists and medical doctors, we will deliver clinical assessments of the<br>

detected variants, with the aim to truly provide “bench to bedside” services.<br>

<br>

We are now looking for two bioinformaticians to our facility: one person to<br>

drive development of production systems and data management, one to drive<br>

development of data analysis pipelines. Those appointed will be expected to<br>

work with clinicians, geneticists, software developers, bioinformaticians and<br>

molecular biologists from our facility, and collaboratively also at other<br>

similar facilities or research teams in Sweden and abroad.<br>

<br>

The positions and qualifications are described below. Please see<br>

<a href="http://www.uu.se/en/jobs/jobs-detail-page/?positionId=30160">http://www.uu.se/en/jobs/jobs-detail-page/?positionId=30160</a> and<br>

<a href="http://www.uu.se/en/jobs/jobs-detail-page/?positionId=30157">http://www.uu.se/en/jobs/jobs-detail-page/?positionId=30157</a> for more<br>

information and for application forms.<br>

<br>

Application deadline is January 31, 2014. Both jobs are full time, two years<br>

to start with and may be extended depending on funding and progress.<br>

<br>

-----------------------------------------------------<br>

<br>

Bioinformatician (data management)<br>

<br>

Work description: To establish the computational infrastructure for our<br>

facility, we are looking to recruit a highly motivated bioinformatician/<br>

software engineer who can drive the development of the production workflow of<br>

our facility. This will include developing server applications, databases and<br>

user interfaces for clinical- and genetic data management, as well as data<br>

transfer protocols for the analysis pipelines in our high performance<br>

computing cluster. One particularly important aspect of the production system<br>

will be the handling of data integrity and security.<br>

<br>

Qualifications: Applicants are required to have a M.Sc. degree or higher in a<br>

field related to the position, such as bioinformatics, computer science,<br>

engineering or similar. Further requirements are:<br>

<br>

- Documented experience in database design, programming, and maintenance.<br>

<br>

- Documented programming skills in Java, C/C++, Python or Perl.<br>

<br>

- Documented experience with Linux systems, including server administration<br>

and security.<br>

<br>

- Good communication skills and the ability to work both independently and in<br>

collaboration with colleagues in very diverse fields, and the ability to<br>

document work.<br>

<br>

- Fluency in English.<br>

<br>

Desirable and meritorious in other respects: Experience with bioinformatics in<br>

general, and next-generation sequencing data in particular, is strongly<br>

meriting but not required. Also meriting but not required are knowledge (or an<br>

interest in) genetics, medicine or biology in general, knowledge in computer<br>

hardware, R programming and statistics. Applicants need to have strong work<br>

ethics and an understanding of privacy and security aspects concerning<br>

clinical and genetic data. Ability in Swedish is meriting. A high degree of<br>

importance will be given personal suitability for the position.<br>

<br>

----------------------------------------------<br>

<br>

Bioinformatician (data analysis)<br>

<br>

Work description: To establish the computational infrastructure for our<br>

facility, we are looking to recruit a highly motivated bioinformatician/<br>

scientific programmer who can drive the development of the data analysis<br>

workflow of our facility. This will include building analysis pipelines based<br>

on developing new, and implementing and adapting existing software tools for<br>

next generation sequence data analysis, as well as workflow management tools.<br>

The work will also involve development of bioinformatics content and<br>

annotation for facility databases, in particular concerning clinically<br>

relevant genetic variation data.<br>

<br>

Qualifications: Applicants are required to have completed a Ph.D. degree or<br>

higher in a field related to the position, such as bioinformatics,<br>

biotechnology, engineering physics or similar. Further requirements are:<br>

<br>

-Documented experience in analysis of next-generation sequencing data.<br>

<br>

-Documented experience in bioinformatics. Particularly important are knowledge<br>

in genomics, transcriptomics, genome annotation and a good knowledge of public<br>

resources for bioinformatics data and annotation.<br>

<br>

-Documented programming skills in Java, C/C++, Python or Perl, in particular<br>

concerning scientific computing in Linux based HPC environments.<br>

<br>

-Documented knowledge in statistics, and programming skills in R.<br>

<br>

-Good communication skills and the ability to work both independently and in<br>

collaboration with colleagues in very diverse fields, and the ability to<br>

document work.<br>

<br>

-Experience in publishing and presenting research results.<br>

<br>

-Fluency in English.<br>

<br>

Desirable and meritorious in other respects: Knowledge (or an interest in)<br>

genetics, medicine or biology in general is meriting. Applicants need to have<br>

strong work ethics and an understanding of privacy and security aspects<br>

concerning clinical and genetic data. Ability in Swedish is meriting. A high<br>

degree of importance will be given personal suitability for the position.<br>

<br>

You can also contact me directly for more information at<br>

<a href="mailto:johan.rung@scilifelab.uu.se">johan.rung@scilifelab.uu.se</a>.<br>

<br>

--------------------------<br>

<br>

<br>

Many thanks,<br>

<br>

Johan Rung<br>

Facility manager, Clinical Sequencing Facility<br>

</div>

</blockquote>

</div>

<br>

</body>

</html>