<div dir="ltr">
















<p class="MsoNormal"><b>Ref. No. SU FV-0963-14<br>
Project title: Prediction of membrane protein complexes <br>
</b>Project leader: Arne Elofsson,
<span lang="SV"><a href="mailto:arne@bioinfo.se" onclick="window.open('https://mail.google.com/mail/?view=cm&tf=1&to=arne@bioinfo.se&cc=&bcc=&su=&body=','_blank','location=yes,menubar=yes,resizable=yes,width=800,height=600');return false;"><span lang="EN-US">arne@bioinfo.se</span></a></span>, <span lang="SV"><a href="http://bioinfo.se/"><span lang="EN-US">http://bioinfo.se/</span></a></span></p>



<p class="MsoNormal">Membrane proteins are
the gateways to the cells and as such they are of great importance for the
development of drugs. In addition membrane proteins are quite difficult to
handle experimentally, therefore prediction methods are important to gain
information about these proteins. We have in recent years developed a
number of state of the art prediction tools (SPOCTOPUS, SCAMPI etc) for
membrane proteins as well as studied structural and evolutionary features of
these. </p>

<p class="MsoNormal">Our ultimate goal is
to develop method that can be used to predict the structure of membrane
proteins and in particular of large molecular complexes such as the TOM complex
responsible for proteins import into the mitochondria. To obtain these goals we
are combining experimental and theoretical studies in close collaboration. This
position is for the theoretical part of the project. Here we combine
different machine learning techniques (SVM, ANN, HMMs) with biological
knowledge in innovative ways. </p>

<p class="MsoNormal">A general interest in
protein, programming and machine learning methods and a solid background
in bioinformatics, physics or computer science is suitable for this
position. Please include the email address of two references, examples of
source code you have written and a description of why you think my research is
of interest to you. For a full list of publication see <span lang="SV"><a href="http://bioinfo.se/papers/"><span lang="EN-US">http://bioinfo.se/papers/</span></a></span></p>

<p class="MsoNormal">Publications: </p>

<p class="MsoNormal">1) Contreras, F.X.,
Ernst, A.M., Haberkant, P., Bjorkholm, P., Lindahl, E., Gonen,
B., Tischer, C., Elofsson, A., von Heijne, G., Thiele, C., Pepperkok, R.,
Wieland, F. and Brugger, B. (2012) Molecular recognition of a single
sphingolipid species by a protein's transmembrane domain. Nature 481
(7382) : 525-529.</p>

<p class="MsoNormal">2) Hedin, L.E.,
Illergard, K. and Elofsson, A. (2011) An Introduction to Membrane Proteins
(dagger). J Proteome Res 10 (8) : 3324-3331. <br>
<br>
3) Hennerdal, A. and Elofsson, A. (2011) Rapid membrane protein topology
prediction. Bioinformatics 27 (9) : 1322-1323. </p>

<p class="MsoNormal">4) Bernsel, A.,
Viklund, H., Falk, J., Lindahl, E., von Heijne, G. and Elofsson, A. (2008) Prediction
of membrane-protein topology from first principles. Proc Natl Acad Sci U S
A 105 (20) : 7177-718.</p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><a href="https://jobapplication.su.se/login.aspx?ReturnUrl=%2fapplicationform_researchStudent.aspx%3fRNR%3dSU%20FV-0963-14&RNR=SU%20FV-0963-14">To
the application form for this position</a></span></p>

<div><div dir="ltr"> <br>Yours<br><br>Arne<br><i><br></i>-----------------------------------------<br>  Arne Elofsson                Science for Life Laboratory<br>  Tel:+46-(0)852481531     Stockholm University<br>  <a href="http://bioinfo.se/" target="_blank">http://bioinfo.se/</a>             Box 1031, <br>

  Email: <a href="mailto:arne@bioinfo.se" target="_blank" onclick="window.open('https://mail.google.com/mail/?view=cm&tf=1&to=arne@bioinfo.se&cc=&bcc=&su=&body=','_blank','location=yes,menubar=yes,resizable=yes,width=800,height=600');return false;">arne@bioinfo.se</a>   17121 Solna, Sweden<br>

  Twitter:   <a href="https://twitter.com/arneelof" target="_blank">https://twitter.com/arneelof</a><br>  Scholar: <a href="http://scholar.google.se/citations?user=s3OCM3AAAAAJ" target="_blank">http://scholar.google.se/citations?user=s3OCM3AAAAAJ</a><br>

  ORCID: 0000-0002-7115-9751</div></div>
</div>