
<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=utf-8" http-equiv=Content-Type>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 11.00.9600.18015"></HEAD>

<BODY style="COLOR: #000000; FONT: 10pt Tahoma; MARGIN: 4px 4px 1px">

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN>PhD student position: Genomic and epigenomic analysis of a plant-based expression platform for recombinant glycoproteins<?xml:namespace prefix = "o" ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>This project is offered within the framework of the International PhD Program „Biomolecular Technology of Proteins – BioToP” at BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria.<o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: center; MARGIN: 0cm 0cm 0pt" align=center><B style="mso-bidi-font-weight: normal"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; COLOR: black; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></B></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; COLOR: black; mso-ansi-language: EN-GB'><U>Project description</U></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'>The tobacco-related </SPAN><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>plant species <I style="mso-bidi-font-style: normal">Nicotiana benthamiana</I> is emerging as a promising host for the rapid, versatile and safe production of biopharmaceuticals. Furthermore, <I style="mso-bidi-font-style: normal">N. benthamiana</I> lines have been established which permit the production of recombinant glycoproteins with customized <I style="mso-bidi-font-style: normal">N</I>- and <I style="mso-bidi-font-style: normal">O</I>-glycan structures and thus superior biological activities. </SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'></SPAN><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>The project will focus on a detailed genomic and epigenomic analysis of a glycoengineered <I style="mso-bidi-font-style: normal">N. benthamiana</I> line optimized for the production of recombinant proteins and its comparison with wild-type plants. NGS libraries will be generated from genomic DNA and mRNA isolated from leaves and other organs. Computational analysis of the data obtained with these sequencing libraries will then involve mapping of read-pairs against the Nb-1 draft genome, with the aim of assessing the genetic differences existing between Nb-1 and glycoengineered <I>N. benthamiana</I>, as well as its progenitor line. For once, this information can be used to reconstruct the genome sequence of glycoengineered <I>N. benthamiana</I>. Secondly, these studies will yield a comprehensive assessment of the genomic status of the currently most frequently used <I style="mso-bidi-font-style: normal">N. benthamiana</I> production line and reveal any genetic or epigenetic alterations incurred during its generation. Special attention will be paid to the identification and transcriptional activity of genes encoding cysteine and serine proteinases, since degradation of recombinant proteins <I style="mso-bidi-font-style: normal">in planta</I> is largely due to members of these protease families. Particular emphasis will be also placed on the characterization of the <I style="mso-bidi-font-style: normal">N. benthamiana</I> complement of glycosyltransferases, glycosidases and prolyl hydroxylases whose activities could potentially lead to the formation of non-human N- and O-glycan structures or other protein modifications on biotherapeutics. Altogether, the outcomes of this project will provide a powerful resource for the further development of this attractive new expression platform.<o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN><U>Required skills and qualifications<o:p></o:p></U></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>We are looking for a graduate student with a Master´s degree in bioinformatics or in a related field, solid programming skills (e.g. developing sequence analysis tools), experience with the analysis of NGS data sets, understanding of lab methods and knowledge of genomics/transcriptomics. <o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>For more detailed information about the project and the PhD program BioToP please visit </SPAN><SPAN lang=EN-US><A href="http://biotop.boku.ac.at/"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><FONT color=#0000ff>http://biotop.boku.ac.at</FONT></SPAN></A></SPAN><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; COLOR: black; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; COLOR: black; mso-ansi-language: EN-GB'><U>Application<o:p></o:p></U></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="TEXT-ALIGN: justify; MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'>The PhD Program BioToP will only consider applications that are submitted using the official BioToP application forms. </SPAN><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-fareast-language: DE-AT'>No other forms of applications will be accepted. </SPAN><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB; mso-fareast-language: DE-AT'><o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'>For application guidelines and download of forms please visit </SPAN><SPAN lang=EN-US><A href="http://biotop.boku.ac.at/"><SPAN style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'><FONT color=#0000ff>http://biotop.boku.ac.at</FONT></SPAN></A></SPAN><SPAN lang=EN-US style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"'>. <o:p></o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p> </o:p></SPAN></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><B style="mso-bidi-font-weight: normal"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'>Application Deadline: 31.10.2015</SPAN></B></P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'></SPAN> </P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'></SPAN> </P>

<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><B style="mso-bidi-font-weight: normal"><SPAN lang=EN-GB style='FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: "Tahoma","sans-serif"; mso-ansi-language: EN-GB'><o:p></o:p></SPAN></B> </P><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-WEIGHT: normal">

<DIV><BR></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Tahoma>PhD Programme BioToP</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Tahoma>"Biomolecular Technology of Proteins"</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Tahoma>BOKU - University of Natural Resources </FONT><FONT size=2 face=Tahoma>and Applied Life Sciences<BR></FONT><FONT size=2 face=Tahoma>Muthgasse 18<BR>A-1190 Vienna<BR>Email:biotop@boku.ac.at<BR></FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Tahoma>Web: </FONT><A href="http://biotop.boku.ac.at/"><FONT size=2 face=Tahoma>http://biotop.boku.ac.at</FONT></A></DIV></SPAN></BODY></HTML>