<div dir="ltr"><div>A postdoc position is available jointly between the Cellular Network Biology (Lars Juhl Jensen) and the Translational Disease Systems Biology (Søren Brunak) groups at The Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research (CPR – <a href="https://www.cpr.ku.dk">https://www.cpr.ku.dk</a>). <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Open Sans",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px;letter-spacing:0.3px">The Disease Systems Biology program consists of three research groups covering many systems level aspects of biology and medicine, including the integration of molecular-level data and healthcare data, including biomedical texts.</span><br></div><div><br></div><div><p style="box-sizing:border-box;margin:8px 0px 15px;color:rgb(37,37,37);font-family:"Open Sans",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px;letter-spacing:0.3px"><span style="box-sizing:border-box;color:black">To address the challenging task of extracting information on lifestyle from text, we have developed a prototype lifestyle-factor ontology. You will train state-of-the-art deep learning-based language models to identify lifestyle descriptors, such as diet, from one of the large biomedical text collections comprising millions of full-text articles. Subsequently you will use it in combination with existing pretrained models and vocabularies to resolve cases of ambiguity, extract associations between diseases and lifestyle factors, and construct an open publicly available knowledge graph from the results.</span></p><p style="box-sizing:border-box;margin:8px 0px 15px;color:rgb(37,37,37);font-family:"Open Sans",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px;letter-spacing:0.3px"><span style="box-sizing:border-box;color:black">In collaboration with other members of the groups, you will also use cross-lingual representation learning to identify lifestyle factors in text from Danish electronic health records. Furthermore, you will use the literature-based knowledge graph to interpret patient-level data on the progression from healthy to sick from electronic health records and registry data.</span></p><p style="box-sizing:border-box;margin:8px 0px 15px;color:rgb(37,37,37);font-family:"Open Sans",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px;letter-spacing:0.3px"><span style="color:black;letter-spacing:0.3px">Projected start date: Second quarter of 2021<br>Application deadline: March 15th, 2021.</span></p><p style="box-sizing:border-box;margin:8px 0px 15px;color:rgb(37,37,37);font-family:"Open Sans",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px;letter-spacing:0.3px"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;letter-spacing:normal;color:rgb(34,34,34)">For more details please see <a href="https://jobportal.ku.dk/videnskabelige-stillinger/?show=153544">https://jobportal.ku.dk/videnskabelige-stillinger/?show=153544</a></span><br></p></div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Lars Juhl Jensen<br>Professor, Group Leader in Disease Systems Biology<br><br>NNF Center for Protein Research<br>Faculty of Health Sciences<br>University of Copenhagen, Denmark<br><br><a href="http://jensenlab.org" target="_blank">http://jensenlab.org</a></div></div></div>