<div dir="ltr"><div><br></div><div>Dear all<br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"> <br><div><div class="gmail-"><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span><span>I am happy to announce 1-2 PhD positions in deep learning on protein-protein interactions, in Stockholm in a great scientific environment. Please forward to suitable candidates</span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span><span><br></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span><span><strong>Project description</strong></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><p>Protein structure is essential for understanding their function as 
well as for developing drugs targeting proteins. Recently, a deep 
learning method that can predict the structure of most proteins was made
 freely available, and a database with predicted structure was released.
 However, proteins do not act alone - they act together with other 
proteins. Therefore, the next major challenge is to use these types of 
methods for predicting protein-protein interactions. Initial studies 
from us have shown that it is possible to predict accurate structures of
 a large part of dimeric proteins using either a modified version of 
AlphaFold2 or AlphaFold-multimer. However, there are still many proteins
 that cannot be built accurately, nor are we able always to distinguish 
interacting from non-interacting protein pairs and to build larger 
complexes accurately is still an unsolved problem. In this project, we 
are recruiting 1-2 PhD students which will work together with two 
recently recruited postdocs to leverage recent advances in the field of 
machine learning to build better deep-learning models for predicting 
protein-protein interactions and to apply these methods to biologically 
relevant problems.</p><p><br></p><span><span></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span><span>More information on how to apply etc<br></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span><span><br></span></span></div></div><div class="gmail-"><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span style="color:rgb(29,155,240)"><span><span><a href="https://www.su.se/english/about-the-university/work-at-su/available-jobs/phd-student-positions-1.507588?rmpage=job&rmjob=18555&rmlang=UK">https://www.su.se/english/about-the-university/work-at-su/available-jobs/phd-student-positions-1.507588?rmpage=job&rmjob=18555&rmlang=UK</a></span></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span style="color:rgb(29,155,240)"><span><span><br></span></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span style="color:rgb(29,155,240)"><span><span><br></span></span></span></div><div class="gmail-public-DraftStyleDefault-block gmail-public-DraftStyleDefault-ltr"><span style="color:rgb(29,155,240)"><span><span><br></span></span></span></div></div></div>Feel free to contact me</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Yours<br><br>Arne<br><i><br></i>-----------------------------------------<br>  Arne Elofsson                  Science for Life Laboratory<br>  Tel:+46-(0)70 695 1045   Stockholm University<br>  <a href="http://bioinfo.se/" target="_blank">http://bioinfo.se/</a>               Box 1031, <br>  Email: <a href="mailto:arne@bioinfo.se" target="_blank">arne@bioinfo.se</a>   17121 Solna, Sweden<br>  Twitter:   <a href="https://twitter.com/arneelof" target="_blank">https://twitter.com/arneelof</a></div><div dir="ltr">  Zoom: <span style="display:inline-flex"><a href="https://stockholmuniversity.zoom.us/my/arneelof/" target="_blank">https://stockholmuniversity.zoom.us/my/arneelof/</a><span></span></span><br>  Scholar: <a href="http://scholar.google.se/citations?user=s3OCM3AAAAAJ" target="_blank">http://scholar.google.se/citations?user=s3OCM3AAAAAJ</a><br>  ORCID: <a href="https://orcid.org/0000-0002-7115-9751" target="_blank">0000-0002-7115-9751</a></div></div></div></div></div></div>